Samothrace was populated by the pre-hellenic tribes of the Kares and the Thracians. The name “Samothrace” is most probably connected to the race of Kares. The Thracians were the ones who introduced the cult of the Great Gods and the formal ceremonial language used during the performance of the mystery in the sanctuary.

In the 7th century BC, we can trace the onset of the systematic colonization of the island by populations coming from Asia Minor. Since 508 BC, Samothrace was under the rule of the Persians. Therefore, after the defeat of the Persians in the battle of Salamis the island was included in the First Athenian Alliance.

In the following centuries Samothrace was transformed into a religious center, whose prestige reaches its higher peak during the era of the Macedonian kingdom, 340 BC. It is believed that king Philip the second met Olympias -the mother of Alexander the Great- in Samothrace during the Caveirian mysteries. Contrary to other religious mystical rites, the Caveirian Mysteries were open to all believers regardless of their social decent.

In 164 BC, Samothrace comes under the rule of the Romans, and it is during this era that the island is converted into an international ritual center. Numerous high roman officials and ordinary citizens visited the island in order to beinitiated to the worship of the Great Gods and to ensure their grace.

During the times of the Byzantine Empire, the island lost its privileged position and became a place of exile for the opponents of the Byzantine Emperors. In 1204, Samothrace was conquered by Venecians and Genovese. In 1457, the Ottomans conquered the island. The Ottoman rule on the island lasted until 1912, when Samothrace was united with the Greek state.

Η Σαμοθράκη κατοικούταν από προ-ελληνικά φύλα, κυρίως τους Κάρες στους οποίους οφείλεται μάλλον και το όνομα της Σαμοθράκης και τους Θράκες οι οποίοι εισήγαγαν τη λατρεία των Μεγάλων Θεών, καθώς επίσης και την επίσημη τελετουργική γλώσσα που χρησιμοποιούνταν κατά τη διάρκεια του μυστηρίου στο Ιερό.

Στους αιώνες που ακολουθούν η Σαμοθράκη μετατρέπεται σε θρησκευτικό κέντρο, του οποίου η αίγλη απογειώνεται με το βασίλειο των Μακεδόνων από το 340 π.Χ. Εκεί πιστεύεται ότι ο βασιλιάς Φίλιππος Β΄ γνώρισε κατά τη διάρκεια των Καβειρίων Μυστηρίων την Ολυμπιάδα, την μητέρα του Μεγάλου Αλέξανδρου. Τα καβείρα Μυστήρια σε αντίθεση με άλλες θρησκευτικές μυστηριακές γιορτές ήταν ανοιχτά σε όλους τους πιστούς ανεξαρτήτως κοινωνικής τάξης.

Από το 164 π.Χ οπότε και η Σαμοθράκη περνάει στην κατοχή των Ρωμαίων μετατρέπεται σε διεθνές λατρευτικό Ιερό με πλήθος ανώτατων αξιωματούχων, αλλά και απλών πολιτών να συρρέει εκεί προκειμένου να μυηθούν στην λατρεία των Μεγάλων Θεών και να εξασφαλίσουν την εύνοια τους.

Κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το νησί χάνει την προνομιακή θέση που κατείχε και γίνεται κυρίως τόπος εξορίας των αντιπάλων των βυζαντινών αυτοκρατόρων.

Το 1204 η Σαμοθράκη κατακτείται από τους Ενετούς και τους Γενουάτες. Το 1457 οι Οθωμανοί κατακτούν το νησί μέχρι και το 1912 οπότε και ενώνεται η Σαμοθράκη με την υπόλοιπη Ελλάδα.